Het bestuur van Nationaal Programma Groningen bestaat uit overheden (het Rijk, de provincie Groningen en gemeenten in het aardbevingsgebied) en diverse organisaties. De directeur stuurt het programmabureau aan en is de belangrijkste adviseur van het bestuur.
Het algemeen bestuur zet de grote lijnen uit en in het dagelijks bestuur zit een afvaardiging van het algemeen bestuur.
Algemeen bestuur
Johan Remkes
Onafhankelijk voorzitter
Jouke de Vries
Uit het midden van de kennisinstellingen
Frans Keurentjes
Uit het midden van de agrarische sector
Bas Wallis de Vries
Uit het midden van de zorginstellingen
Susan Top
Gedeputeerde provincie Groningen
Henk Emmens
Gedeputeerde provincie Groningen
Henk Jan Bolding
Burgemeester gemeente Het Hogeland
Mirjam van 't Veld
Burgemeester gemeente Groningen
Annalies Usmany-Dallinga
Wethouder gemeente Eemsdelta
Anita Winter
Uit het midden van het bedrijfsleven
Eddie van Marum
Staatssecretaris Herstel Groningen
Cora-Yfke Sikkema
Burgemeester gemeente Oldambt
Herman Rinket
Groninger Gasberaad
Erica van Lente
Burgemeester gemeente Midden-Groningen
Esther Borstlap
Uit het midden van de woningcorporaties
Frans Alting
Uit het midden van de havensDagelijks bestuur
Johan Remkes, Koen Schuiling, Jouke de Vries, Henk Jan Bolding, Eddie van Marum, Susan Top, Anita Winter, Erica van Lente en Esther Borstlap.